ปัญหาที่มักเกิดในตู้ปลามักพบเกิดในตู้ปลา คือ ปัญหาน้ำเขียว สาเหตุมาจากสาหร่ายเซลล์เดียวขนานเล็กที่เจริญอยู่ในน้ำ ที่ได้ปุ้ยจากเศษอาหาร หรือขี้ปลาเพื่อใช้ในการเจริญเติญโต เปรียบเสมือนตัวขโมยแร่ธาตุ และแสงที่ส่องผ่านมาในเนื่อน้ำไปจากปลาที่เลี้ยงในตู้นั่น
การแก้ไขคือ พยายามควบคุมขยะในตู้ให้ดีที่สุด ด้วยระบบกรองชั้นเลิศ และควบคุมปริมาณแสงที่ส่องผ่านมายังตู้ปลาให้น้อยที่สุด หรือมีการคลุมพื้นที่ระดับน้ำอย่างเหมาะสมด้วยฝาตู้ที่กันแสงส่องผ่านผิวน้ำ อย่างน้อย หนึ่งในสามของพื้นผิวเหนือน้ำและทำการตรวจสอบ กำจัดปุ๋ยในน้ำ โดยเฉพาะค่าไนเตรทในน้ำให้หมดไป ด้วยจุลินทรีย์หรือสารกำจัด (RQ ANTI ALGAE กำจัดตะไคร่น้ำเขียว)
กรณีที่มีสาหร่ายเกิดมากควรใช้สารกำจัดและตกตะกอนเพื่อกรอง ไปกำจัดในระบบกรอง ที่สำคัญกรณีตู้ปลาที่ได้รับแสงอาทิตย์โดยตรงพืชน้ำจะเพิ่มจำนวนได้เร็วการกำจัดต้องทำอย่างสม่ำเสมอ อย่าปล่อย ให้พืชน้ำมีมากจนสร้างปัญหาต่อคุณภาพน้ำหรือตัวสัตว์น้ำ สังเกตจากการขาดอากาศในช่วงเวลามีแสงน้อย ปลาจะขึ้นมาฮุบน้ำเพื่อเอาอากาศผิวน้ำ แสดงว่าการใช้อากาศในน้ำมีมากขึ้น การลดปริมาณ พืชน้ำด้วยสารกำจัด จะเพิ่มอากาศในน้ำให้มีมากขึ้น